Rovněž byl významným českým magnátem a nejvyšším hofmistrem Království českého. Ve východních a jižních Čechách vlastnil rozsáhlá dominia, která úspěšně spravoval a rozšiřoval. Velkou pozornost věnoval také přestavbě rodového sídla v Pardubicích.

Zámek ve dvacátých až čtyřicátých letech 16. století byl v péči Vojtěcha a pak jeho bratra Jana dobudováván v duchu nastupující renesance. Současná pardubická dominanta byla zvýšena o jedno patro a interiéry byly kolem roku 1532 vyzdobeny velkoplošnými raně renesančními malbami, prvními v Čechách. Nádherně malované jsou zejména Rytířské sály, Vojtěchův sál, Mázhaus a Sloupový sál, které mají i nádherné kazetové stropy. Na výzdobě zámku se podíleli také přední mistři z královské huti.

V 18. století, při úpravách interiérů zámku na byty a manufakturní výrobny, byly nástěnné malby poškozeny a zakryty vrstvou omítky, pod stropy byly zbudovány nižší podhledy. Malby byly znovu objeveny a původní stropy odkryty ve 20. letech minulého století. Při nedávné rekonstrukci zámku byly i tyto malby odhaleny a restaurovány. Vojtěch z Pernštejna zemřel bez potomků a pochován byl v pernštejnské hrobce s nádherným mramorovým náhrobkem v chrámu svatého Bartoloměje v Pardubicích.