Aktivisté ekologické organizace v říjnu 2016 obsadili chladicí věž elektrárny na protest proti prodloužení jejího provozu. Za pomocí horolezecké techniky slanili a navrtali její opláštění, poté na ni ukotvili a rozvinuli transparenty. Pět z nich bylo obviněno z poškození cizí věci a poškození a ohrožení provozu obecně prospěšného zařízení.

"Celá elektrárna byla v době protestu uzavřená, zčásti kvůli probíhající rekonstrukci a zčásti kvůli dřívějšímu požáru. Již dva týdny po protestu, okamžitě po skončení stavebních prací, přitom věž najela na plný výkon, aniž by byly provedeny jakékoli opravy pláště chladicí věže," uvedl Hrábek.

Obvinění v roce 2018 zaplatili 407.780 korun, které vlastník elektrárny společnost Severní energetická zaplatila za zamazání zhruba stovky děr na chladicí věži. Další požadavky elektrárny státní zástupce neuznal.

Ekologické organizace Greenpeace, Hnutí Duha a Zastavme elektrárnu Chvaletice se v září odvolaly proti opětovnému udělení výjimky elektrárně Chvaletice. Olomoucký krajský úřad jí schválil výjimku z emisních limitů pro rtuť na šest let a pro emise oxidů dusíku na osm let. O odvolání bude rozhodovat ministerstvo životního prostředí.