Ten po absolvování svých cest do Afriky uspořádal velkolepou výstavu ve Vídni (1891) a o rok později v Praze. Bohaté sbírky obsahující asi třináct tisíc předmětů nabídl Národnímu muzeu v Praze, ale byl odmítnut. Proto věnoval exponáty „moudřejším” muzeím a zbytek rozdal školám, v nichž přednášel.
Emil Holub, který byl ve své době nejproslulejším Čechem, zemřel 21. února 1902 ve Vídni jako chudý a nemocný člověk. Tam je také pohřben. V jeho rodných Holicích byl v roce 1964 otevřen Památník Dr. Emila Holuba - Africké muzeum, který se stal významnou pamětihodností města a také velmi navštěvovaným objektem cestovního ruchu. Město Holice na svého velkého rodáka nikdy nezapomnělo. Již při Holubově návštěvě v roce 1880 byl jmenován čestným občanem města, neméně vřelé bylo i jeho přijetí v roce 1889.